水溫機和油溫機都有冷卻系統，水溫機的冷卻系統的方式又可分為直接冷卻和間接冷卻兩種，而油溫機中的冷卻系統則只有間接冷卻，因為導熱油和水不能在同一系統內運行。 一般水溫機對水質要求比較高或控溫比較精準的，會選用間接冷卻，而普通120度水溫機則使用直冷卻。具體使用是按控溫設備對冷卻溫度和速度的不同，采取不同的冷卻方式，從而達到所需的溫度使用目的和工藝要求。 在水溫機中，直接冷卻和間接冷卻又存在著冷卻效果的不同，通常直接冷卻對間接冷卻速度要快，冷卻效果更好，溫度也更低，但恒溫卻沒有間接冷卻這么穩定，所以我們通常在設計水溫機時，對水溫機冷卻系統的應用方法由為重要。